机巧少女不会受伤故事主要围绕人偶师赤羽雷真和他的少女型人偶搭档夜夜，以及参加决出最强人偶师"魔王"的名为“夜会”比赛的各种参赛选手之间的学院战斗。关于机巧魔法即是指内置魔法回路的人偶和人偶师使用的魔法。