新学期才刚开始的高中生坂井悠二过着普通的日常生活，之后突然平静的生活被打乱。 他被神秘男子弗里亚格内袭击，危急时刻一个少女出现保护了悠二，并告诉他：“你已经‘不存在’了”。 一个由奇才高桥弥七郎带来的奇妙学园故事开始了……