能夠看到陽光的深海世界，居住著一個和魚類共同生活的有著人類姿態的美麗少女，她名叫瑪琳。生長在水底世界的瑪琳和妹妹烏琳對空中世界（地面）充滿了無限的嚮往。一天，一枚戒指落入水中被瑪琳拾到，為了物歸原主，瑪琳和烏琳第一次離開了水底世界來到四周被海洋環繞的小小離島。與此同時，在小島上生活的女高中生夏音剛剛與男友分手，性格消極灰暗的夏音對生活和未來都不再抱有希望，而夏音，正是瑪琳要尋找的戒指的主人。被命運牽引走到一起的瑪琳和夏音，喚醒了潛藏在各自身體裡的神秘力量。肩負著“海之巫女”，“空之巫女”重任的兩人展開了與顛覆世界的黑暗勢力的決鬥。……