《Sacred Seven》的故事舞台设定在一个港口城市中，故事围绕着含有其中特别力量的原石Sacred Seven所展开，其中代表正义的力量是“善石”而邪恶的怪物则是“恶石”。 某一天，在一直孤单地一人生活的男主角丹童子阿尔玛面前，突然出现了一位带领著执事和女仆的少女蓝羽瑠璃。蓝羽的目的是希望能借用丹童子那寄宿在他身上的Sacred Seven力量。但是，在过去因曾经使用了那力量而伤害了其他人的丹童子理所当然地把瑠璃她们赶走。 另一方面，这个平稳的城市中突然出现了石之魔物“恶石”，并同様为了丹童子身上的力量而来。原来，瑠璃是能够把丹童子身上的Sacred Seven力量真正地解放出来，并练成宝石，使丹童子能够击退“恶石”。本篇的男主角丹童子由于过去力量的暴走，使他变得会避开周围的人，并因此过著孤单的学园生活，但会因为瑠璃的出现，而使他开始正视Sacred Seven的力量。