钢铁侠遭遇神秘敌人，处置不慎，队友War Machine阵亡。钢铁侠一面逃离S.H.I.E.L.D（国土战略防御攻击与后勤保障局，又称神盾局、天盾局 ）的质询及鹰眼、黑寡妇的追杀，一面寻觅惩罚者(The Punisher)作队友，共同清查事情幕后元凶。钢铁侠能不能打败迄今为止最强敌人——纳米魔呢?