口袋妖怪THEORIGIN主要是以口袋妖怪游戏的第一部作品口袋妖怪绿为故事背景讲述少年小红,受大木博士委托,和搭档小火龙一起在关东地区展开大冒险,途中遇到少年小绿,并一起与火箭队战斗的故事。