故事可说是融合了相当高度的宗教联想.西历2000年,巨型陨石坠落南极,引致天灾四起,世界人口因此锐减一半,称为"第二次撞击"(Second Impact).事隔十五年,人类正值复兴之时,一种来历不明的巨大战斗生命体——使徒(Angels)再度出现,不断向人类重镇第三新东京市进袭.人类迎击使徒的唯一希望,就是特务机关NERV开发的人型决战兵器"福音战士"(EVANGELION),但能够胜任驾驶员的人选,就只有几个年仅十四岁的少年男女,他们用精神控制机器.在不断的战斗中,既有肉体上的伤痛,更有精神上的巨大折磨:个人与他人的关系,父与子,母与女的冲突,成长与逃避……在战斗中,第二次撞击的真相也不断显现——那并不是天灾,而是由人类引起的灾难.消灭最后一个使徒后,NERV的后台机关"人类补完委员会"(SEELE)为完成人类补完计划,消灭了NERV与EVANGELION,并引发第三次撞击.只有碇真嗣与