一艘博格方块侵入了联邦的领域，并直驱地球。然而星际舰队指挥部却命令元首级星舰进取号-E前去监控及巡逻罗慕伦中立区，以防罗慕伦人趁机进犯。不过让吕克·皮卡尔舰长深知，舰队是担心他过去被博格人同化的经历，会为作战增加“不稳定因素”。（参见《下一代》电视剧“地球保卫战”）。在获知舰队遭到大量损失时，皮卡尔决定抗命加入战役。在抵达001星区时，进取号成功指挥舰队舰队摧毁了博格方块。然而，一艘博格球体逃离了方块并疾驰向地球。球体借由子空间力场作时空连续体弹跳，开启了时间漩涡并航向过去的地球；皮卡尔下令进取号追击它。时间最终抵达了2063年4月4日——第三次世界大战的十年后——也是“第一次接触”的前一天。这意味着刚发展出曲速引擎的人类将第一次接触到外星文明。球体开始攻击地球蒙大拿州的一带：这正是曲速发明者泽弗拉姆·科克伦博士的住地。在地面遭受一定损失之后，进取号穿出了时间漩涡，并摧毁了攻击地球的博格球体。进取号随即派出外遣队，以确保凤凰号和泽弗拉姆·科克伦安好无恙。乔迪·拉弗吉少校带领一支轮机团队开始着手修复凤凰号；威廉·赖克中校与迪安娜·特洛伊顾问则要说服科克伦照原计划完成曲速试飞；贝弗莉·克洛夏医生把受辐射伤害的莉莉·斯隆带回进取号上治疗。但在此时，进取号的系统开始出现异常，如环境温度爬升到了摄氏39度。感受到博格人存在的皮卡尔与Data回到了进取号上。原来博格人乘进取号防护罩降下之机传送上了进取号，并开始同化她。皮卡尔率领突击队进攻博格人，企图打破轮机室的等离子体冷却管，但未能成功，Data少校也被俘虏。皮卡尔逃进了J氏管，却遭遇了不明真相的莉莉·斯隆，她夺走了相位枪并要胁皮卡尔放她回去。在皮卡尔设法取得了莉莉的信任后，两人一同回到舰桥与其他人员会合。此时，博格人企图架设子空间通讯天线与21世纪的博格人取得联系；皮卡尔、沃尔夫以及肖恩·霍克上尉穿上宇航服与磁性靴，来到了博格人架设天线的舰外偏导仪区域，最终阻止了博格人的行动。