过去被称为融合症例的少女，在世界行将终焉之际抓住了奇迹，完成了与永恒之枪Symphogear的适合。以地球灵长存续之名所执行的人类淘汰——人称“Frontier事变”的一连串骚乱，在以歌连通血脉的少女们的活跃之下画上了终止符，然而新的故事在那之后不久便拉开了帷幕......