在人类修改植物遗传因子，企图控制植物的愚蠢计划失败后，树木开始具有了思想意识，月球表面的树木毫无节制的变大，并以无法想象的速度滋生蔓延，最终竟然化为龙型怪物袭击了地球，爆炸带来的强烈闪光笼罩着地球，地球面临着从未有过的大灾难。300年的时光匆匆流去…… 　　地球在遭到有意识的树木袭击后，残存下来的一部分人类为了求得生存放弃了与森林敌对的思想，开始寻求与森林共同生存之道。因此残存下来的人分成了与森林共存的种族和与森林敌对的种族。阿基德(胜地凉配音)等人在叫做“中立都市”这个荒凉的地方以与森林共存为宗旨生活着，虽然环境极度恶劣但是他们仍然坚强愉快地过活。直到有一天，阿基德与好友凯因一起到传说中的禁忌之泉取水，在那里，阿基德发现了一个闪耀着神奇光芒的机械，以及沉睡在其中的美丽少女——朵拉(宫崎葵配音)，无意间的邂逅改变了那个世界的命运。阿基德唤醒了沉睡的朵拉，才知道原来她并不属于这个时代，而是利用先进科技手段减缓新陈代谢，沉睡了300年的过去世界的人。