在可见的未来，人类偶然发现了被喻为之谜的“盖塔射线”，但是无人知道，那将会是世界末日的开始。由于INVADER突然来袭，月球在转眼之间被占领，跟着，它们的魔爪企图伸展到地球。人类用高科技的结晶——“超级机器人”，经过长达十年的“月世界战争”，成功把可怕的侵略者消灭了，但是……早乙女博士以未开发成功的“三一万能侠”迎击反被击溃！一方面博士着手开发“新·三一万能侠”；另一方面，认为必须找到3位合适的驾驶员。