《刺客信条：余烬》发生在《刺客信条：启示录》的数年后。系列主角Ezio头发已然苍白，也包括他的胡须。此刻他也有了他的妻子与女儿，大约有5到6岁。他的妻子名为索菲亚（Sofia Sorto），正是《AC：启示录》里Ezio在君士坦丁堡的情人。Ezio此时正在托斯卡纳的家宅撰写他自己留给后人和妻子的遗书。有一天，一名陌生人悄然来到这里，Ezio发现来客戴有刺客标志的翡翠项链。来客自称 刺客项链 Shao Yun，是一名来自中国的女刺客。